Infectam códigos executáveis localizados nas áreas de sistema do disco. Todo drive físico, seja disco rígido, disquete ou cd-rom, contém um setor de boot. Esse setor de boot contém informações relacionadas à formatação do disco, dos diretórios e dos arquivos armazenados nele.
               Além disso pode conter um pequeno programa chamado de programa de boot (responsável pela inicialização do sistema), que executa a "carga" dos arquivos do sistema operacional (o DOS, por exemplo). Contudo, como todos os discos possuem área de boot, o vírus pode esconder-se em qualquer disco ou disquete, mesmo que ele não seja de inicialização ou de sistema (de boot).
               Um comportamento comum entre os vírus de boot que empregam técnicas mais avançadas invisibilidade é exibir os arquivos de boot originais sempre que for feita uma solicitação de leitura do sector 1 da track 0. Enquanto o vírus estiver residente na memória, ele redireciona todas as solicitações de leitura desse setor para o local onde o conteúdo original está armazenado. Essa técnica engana as versões mais antigas de alguns antivírus. Alguns vírus, ainda mais avançados, chegam a marcar o setor onde o os arquivos de boot originais foram colocado, como sendo um setor ilegível, para que os usuários não possam descobrir o setor de boot em um lugar considerado incomum.

Uma explicação técnica:

               O primeiro setor físico (track 0, sector 1, head 0) de qualquer disco rígido de um PC, contém o Registro de Partida e a Tabela de Alocação de Arquivos (FAT). Os vírus de MBR (Master Boot Record) atacam esta região dos discos rígidos e se disseminam pelo setor de boot do disco. Quando a FAT é corrompida, por exemplo, você perde o acesso à diretórios e arquivos, não porque eles em foram atacados, mas porque o seu computador não consegue mais acessá-los.

 Observações:

? Track ou Trilha: uma série de anéis concêntricos finos em um disco magnético, que a cabeça de leitura / gravação acessa e ao longo da qual os dados são armazenados em setores separados.
? Sector ou Setor: menor área em um disco magnético que pode ser endereçada por um computador. Um disco é dividido em trilhas, que por sua vez são divididos em setores que podem armazenar um certo número de bits.
? Head ou Cabeça: transdutor que pode ler ou gravar dados da e na superfície de um meio magnético de armazenamento, como um disquete ou um winchester.